Ca urmare a deciziei din anul 1984, prin care nu s-a mai acordat cifră de școlarizare pentru profilele filologie, istorie și drept, iar Institutul de Învățământ Superior s-a transformat în Institutul de Subingineri, subordonat Institutului Politehnic din Cluj-Napoca, structura universitară de la Sibiu a primit o grea lovitură. Din fericire această măsură a durat doar până în anul 1990, an în care, ca urmare a schimbării majore a structurii politice din România, s-a reluat activitatea universitară în orașul de pe malurile Cibinului.

Dezideratul universitarilor sibieni din cadrul Institutului de Subingineri, precum și a multor altor reprezentanți ai mediului academic sibian, a fost prezentat și argumentat în fața ministrului învățământului de la acea dată, Mihail Șora, și a adjunctului acestuia, Paul Cornea, de o delegație din care au făcut parte Corneliu Bucur, Mircea Tomuș (ambii membrii ai FSN), Constantin Voicu (rector al Institutului Teologic Ortodox de Grad Universitar), Herman Pitters, Paul Philippi și Hans Otto Stamp (reprezentanți ai Institutului Teologic Protestant). Proiectul prezentat preconiza înființarea a șase facultăți: mecanică, automatizări și calculatoare, filologie și istorie, drept, tehnologia și chimia textilelor și a produselor alimentare, științele naturii.

În conformitate cu prevederile Decretului nr. 225 din 5 martie 1990, primul an universitar – 1990-1991 – al noii structuri a inaugurat cursurile a cinci facultăți: Facultatea de Litere, Istorie și Drept, Facultatea de Științe, Facultatea de Medicină, Facultatea de Inginerie și Facultatea de Tehnologia Produselor Alimentare și Textile, adăugându-se, prin Protocolul nr. 1375 din 27 septembrie 1991, la aceste cinci facultăți, Institutul Teologic Ortodox de Grad Universitar „Andrei Șaguna”, devenit astfel Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna”.

La 12 mai 1995, când s-au împlinit 100 de ani de la nașterea marelui poet și filozof Lucian Blaga, Universitatea din Sibiu a primit aprobarea oficială de schimbare a numelui în Universitatea „Lucian Blaga” din Sibiu. Atribuirea numelui a fost determinată de semnificația aparte pe care personalitatea lui Lucian Blaga o are în cultura română, precum și de legăturile lui puternice cu Sibiul în perioada 1940-1945. Festivitatea ce a marcat primirea onorantului nume a avut loc în Aula „Avram Iancu” în prezența ministrului Învățământului Liviu Maior (devenit ulterior Doctor Honoris Causa al ULBS la propunerea Facultății de Istorie și Patrimoniu), președintelui Senatului României Oliviu Gherman și a fiicei poetului și filosofului, Dorli Blaga. Prin alocuțiunea sa Rectorul prof.univ.dr. Dumitru Ciocoi-Pop a subliniat însemnătatea momentului, spunând: Credem cu tărie în această hărăzită unire de nume și semnificații. Credem că Universitatea din Sibiu va cinsti întotdeauna numele celui care, ca nimeni altul, a ancorat în conștiința universității identitatea culturală românească.

În prezent ULBS are în componență 9 facultăți: Facultatea de Teologie, Facultatea de Drept, Facultatea de Litere și Arte, Facultatea de Inginerie, Facultatea de Științe Socio-Umane, Facultatea de Științe, Facultatea de Medicină, Facultatea de Științe Agricole, Industrie Alimentară și Protecția Mediului și Facultatea de Științe Economice.