Prima şcoală şi-a deschis porţile în cetatea Sibiului deja în anul 1380, reprezentând cu siguranţă o piatră de hotar pentru istoria învățământului urbei de pe Cibin. Dar începuturile învăţământului superior sibian au fost marcate de iniţierea în anul 1786 a Cursului Preparandial de învăţători din Sibiu – una din primele instituţii şcolare cu caracter pedagogic din Transilvania. În anul 1850, Cursul Preparandial din Sibiu şi-a modificat profilul, devenind un Institut Teologico-Pedagogic de Grad Superior care a oferit iniţial cursuri de doi ani şi, începând cu anul 1861, cursuri de trei ani; simultan a fost înfiinţată o secţie pedagogică cu un program de studii de patru ani. În paralel s-a organizat şi cursul de pregătire a viitorilor preoţi din eparhia ortodoxă românească a Transilvaniei, marcând începutul învăţământului teologic din Sibiu.

Deci, rădăcinile ce au permis definirea și dezvoltarea unei universități moderne, dinamice și ancorată în comunitatea orașului Sibiu pot fi găsite încă din evul mediu, dar cele mai reprezentative momente sunt date de apariția în secolul al XIX-lea a Academiei Săsești de Drept (1844) și a Seminarului Teologic Andreian (1874). Învățământul superior în orașul Sibiu fiind strâns legat de istoria instituțiilor teologice și de drept din secolele XVIII-XIX, dar adevărata cărămidă de la care a pornit zidirea universității sibiene a fost pusă în perioada de refugiu a Universității „Regele Ferdinand I” din Cluj la Sibiu (1940-1945). În urma Dictatului de la Viena din august 1940, Universitatea „Regele Ferdinand I” a fost evacuată într-un timp scurt, hotărârea mutării la Sibiu fiind luată la şedinţa Consiliului Universitar din 1 septembrie 1940.

Principalul corp de clădire utilizat a fost liceul de fete Domnița Ileana situat pe Bdul Victoriei nr.5-7 (construit între anii 1937-1940), în prezent sediul Facultății de Litere și Arte și al Departamentului de Istorie, Patrimoniu și Teologie Protestantă.

Pe toată durata refugiului 1940-1945 a existat aceeaşi structură pe facultăţi, catedre, institute, sub coordonarea eminentului istoric Silviu Dragomir, ales președinte al Universității. Alături de acesta sunt de menționat numele unor iluștri oameni de cultură precum Lucian Blaga (patronul universității sibiene începând din anul 1995), Ioan Lupaș, Constantin Daicoviciu, Emil Racoviță, Emil Hațieganu, Onisifor Ghibu, ce au ținut conferințe, au constituit cenacluri literare și au permis dezvoltarea cultural-socială a orașului Sibiu.

Sibiul a câștigat, în perioadă de răscruce pentru istoria României de la începutul anilor „40, o universitate și dorința de a menține o viață universitară și după reîntoarcerea Universității „Regele Ferdinand I” la Cluj începând cu anul 1945. Acest deziderat a trebuit să aștepte mai bine de 20 de ani, împlinindu-se în anul 1969 când ia ființă Facultatea de Filologie și Istorie din Sibiu ca secție a Universității din Cluj-Napoca, alăturându-i-se apoi specializări precum Drept sau Mecanică și devenind Institut de Învățământ Superior independent (1976-1985).

În anii 1940-1945 a continuat să funcționeze și Institutul teologic ortodox ce a devenit Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna”, completând paleta de specializări universitare existente în Sibiu la mijlocul secolului trecut.